Оправдание правительства нацистской Германии, генштаба и верховного командования тоже вызвало много нареканий, хотя и было встречено менее болезненно. Суд объяснил его формальными причинами. Дескать, эти структуры трудно определить как группы или организации и проще подвергнуть суду их конкретных представителей. При этом на словах Трибунал заклеймил генштаб и верховное командование как «касту безжалостных милитаристов», «опозоривших почётную профессию воина».