Борис был посаженым отцом на одной из многочисленных свадеб царя Ивана во время опричнины, притом он стал зятем Малюты Скуратова-Бельского, шефа опричников. Женитьба царевича Федора на сестре Бориса еще более укрепила его положение при дворе. До учреждения опричнины в Боярской думе не встречаем Годуновых; они появляются в ней только с 1573 г.; зато со смерти Грозного они посыпались туда, и все в важных званиях бояр и окольничих. Но сам Борис не значился в списках опричников и тем не уронил себя в глазах общества, которое смотрело на них, как на отверженных людей, «кромешников», – так острили над ними современники, играя синонимами «опричь» и «кроме».