Но в период французской революции и особенно в годы, последовавшие за ней, у него начались серьезные неприятности. Лавуазье стал жертвой чисток, был обвинен в мошенничестве в пороховом деле и в налоговых преступлениях. К тому же утверждалось, что он продавал порох вражеским государствам — это обвинение французское правительство через сто лет предъявит и Альфреду Нобелю.