Тесные отношения между церковью и государством сложились еще в позднесоветские годы. В начале 1990-х годов, когда рассекречивались архивы КГБ, специальная комиссия публиковала выдержки из внутренних документов, согласно которым едва ли не все высшие чины РПЦ так или иначе сотрудничали с КГБ. Среди возможных агентов КГБ называли и патриарха Алексия II (агент «Дроздов»), и его преемника патриарха Кирилла (агент «Михайлов»). Однако ни сам патриарх, ни кто-либо из представителей РПЦ никогда эту информацию не комментировали.